警方為應付未確認生命體而開發了G3系統,這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來,裝著員是一位叫冰川誠的警員,為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明,並進行解碼。當未確認生命體再次出現,連G3也不是其對手時,神秘的金色幪面超人亞極陀登場,這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身,起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家,認識了擁有超能力的風谷真魚,真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶,並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中,發現一本記事薄,當中提及之姓名卻無人知曉,查探父親死因後,竟發現自己是另一個幪面超人-磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀,所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險,幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一,涼以及誠所打敗。 後來,涼誤會女朋友是被亞極陀所殺,造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3,G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使,警方有見及此更厲害的武器-G3-X。在G3-X和亞極陀合作下,未確認生命體雖然愈來愈厲害,但也被擊倒。 第三個幪面超人是由木野薰變身,他雖然會優先對付未確認生命體,但亦會對付磯烙使和亞極陀,因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗,又被涼所救而作出改變。 原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主,他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3,起初四人不敵,但翔一打破恐懼,令亞極陀的力量再上一層,再合四人之力,將他打敗。 在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀,而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀,真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊,要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類,以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈,翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。
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